种类繁多的运输货物用集装箱，从运输家用物品的小型折叠式集装箱直到40英尺标准集装箱，以及航空集装箱等，不一而足。通用干货集装箱、保温集装箱、罐式集装箱、散货集装箱、台架式集装箱、平台集装箱、敞顶集装箱、汽车集装箱、动物集装箱、服装集装箱这10中就是集装箱按箱内所装的货物来分类。
通用干货集装箱这种集装箱也称为杂货集装箱，对无需控制温度的件杂货运输。其使用范围极广，世界上有300万个集装箱根据统计，杂货集装箱占85％，约为254万个。封闭式是这种集装箱通常的形式，设有箱门在一端或侧面。文化用品、化工用品、电子机械、工艺品、医药、日用品、纺织品及仪器零件等这种货物通常用集装箱来装运。平时最常用的集装箱这是这种。
保温集装箱它们是为了运输需要冷藏或保温的货物。这种集装箱的所有箱壁都采用导热率低的材料隔热而制成，可分为冷藏集装箱、隔热集装箱、通风集装箱三种。冷藏集装箱它是以运输冷冻食品为主，是一种保温集装箱能够保持所定的温度。它专为运输如鱼、肉、新鲜水果、蔬菜等食品而特殊设计的。目前国际上采用的冷藏集装箱基本是叫机械式冷藏集装箱就是集装箱内带有冷冻机的；另一种只有隔热的结构而箱内没有冷冻机叫离合式冷藏集装箱。
隔热集装箱它是为了防止温度上升过大，以保持载运水果、蔬菜等货物的鲜度而具有充分隔热结构的集装箱。通常用于冰作制冷剂，72小时左右的保温时间。通风集装箱它是为装运水果、蔬菜等不需要冷冻而具有呼吸作用的货物，在端壁和侧壁上设有通风孔的集装箱，如将通风口关闭，同样可以作为杂货集装箱使用。
罐式集装箱它是专用以装运酒类、油类（如动植物油）、液体食品以及化学品等液体货物的集装箱。它还可以装运其他液体的危险货物。这种集装箱有单罐和多罐数种。散货集装箱它是一种密闭式集装箱，有两种包括玻璃钢制和钢制。由于玻璃钢制的侧壁强度较大，故一般装载麦芽和化学品等相对密度较大的散货，而钢制则用于装载相对密度较小的谷物。应设水密性良好的盖在散货集装箱顶部的装货口，以防雨水侵入箱内。
台架式集装箱它是没有箱顶和侧壁，甚至只有底板和四个角柱连端壁也去掉的集装箱。这种集装箱在进行装卸作业的时候可以从前后、左右及上方进行，适合装载长大件和重货件，如重型机械、钢材、钢管、木材、钢锭等。台架式的集装箱没有水密性，怕水湿的货物不能装运，或用帆布遮盖装运。
平台集装箱这种集装箱是在台架式集装箱上再简化而只保留底板的一种特殊结构集装箱。与国际标准集装箱的箱底尺寸相同的长度与宽度，可使用与其他集装箱相同的紧固件和起吊装置。这一集装箱的采用使得过去一直认为集装箱必须具有一定容积的概念得到打破。适用于装载大型货物和重货，如钢铁、木材，特别是像玻璃板等易碎的重货，利用吊车从顶部吊入箱内不易损坏，而且也便于在箱内固定。
汽车集装箱它是一种运输小型轿车用的专用集装箱，其特点是在简易箱底上装一个钢制框架，通常没有箱壁（包括端壁和侧壁）。这种集装箱分为单层的和双层的两种。动物集装箱这是一种装运鸡、鸭、鹅等活家禽和牛、马、羊、猪等活家畜用的集装箱。为了遮敝太阳，箱顶采用胶合板露盖，侧面和端面都有用铝丝网制成的窗，以求有良好的通风。侧壁下方设有清扫口和排水口，并配有上下移动的拉门，可把垃圾清扫出去。还装有喂食口。动物集装箱在船上一般应装在甲板上，因为甲板上空气流通，便于清扫和照顾。
服装集装箱这种集装箱的特点是，在箱内上侧梁上装有许多根横杆，每根横杆上垂下若干条皮带扣、尼龙带扣或绳索，成衣利用衣架上的钩，直接挂在带扣或绳索上。这种服装装载法属于无包装运输，它不仅节约了包装材料和包装费用，而且减少了人工劳动，提高了服装的运输质量。
