目前我国农产品物流还存在着很多问题，比如农村道路等级低、路况差，导致在途时间长的农产品，损耗大的运输、较低的鲜活度、居高不下的物流成本；设施不健全的物流信息网络，导致信息不畅的流通，市场调节的盲目性大。大多数是个体农户生产或从事，除少量企业化生产物流量外，个体农户承包不多的土地、量小的耕种或养殖物流。缺乏市场竞争力，整体上市场秩序较乱，农产品市场的状况不容乐观。
滞后的运输设备和技术，较少的高效专用运输车辆。比如低温库、冷藏库、立体库等的特种仓库严重短缺，相当突出的农民散藏、混藏、露天堆放现象。相关的部门对农产品物流行业条块分割严重，致使丰富的物流资源难以整合，导致农产品物流企业数量供过于求的结果，但服务质量达不到市场需要的满足程度。城乡农贸市场多导致结构不合理，批发市场不足。
市场潜力巨大的农产品物流，专业化物流服务理念却滞后，产品安全问题、比例过高的自营物流、突出的非合理化状况，使得农产品物流发展面临市场需求约束。不高的农业科技含量、落后的加工及保鲜技术、农产品标准化程度低和缺乏品质检验手段及食品安全保证等诸多因素制约着农产品供应链的各个环节。
改善我国农产品物流的对策可以通过提高农民素质，使得现代物流意识得到增强。提高农民素质是在市场竞争中取胜的关键在农产品流通过程中。同时加大对农产品物流基础设施的投入，农产品物流业很大程度上依赖完备和便利与否的基础设施建设，因而加强基础设施建设是首先要做到。打造现代农产品供应链管理模式。包括从育苗到大田管理、农畜产品加工、保鲜直至流通、市场销售、废弃物回收等所有流程的农产品供应链，影响着农产品供应链始终的是农业科技、农业信息和标准化等因素。
政府应发挥积极作用在促进农产品流通过程及基础设施建设中，明确投资主体地位，并提供优惠政策在土地、资金、税收等方面。发展农产品物流业的关键环节是物流企业和组织，应采取多渠道、多形式、多元化的办法，打破所有制、地域、行业界限，尽快培育一批农产品物流组织。鼓励进行整合优化对龙头企业内部各环节，积极引进和借鉴发达地区和国外物流企业的管理、技术和经验，充分利用运输、商业企业的特长和优势在市场信息、销售网络和运销经营等方面，组建自营物流企业。
整个农产品物流链条上，物流业发展的重要支撑和动力是技术的创新。大力推进农业的标准化生产，同时要提高加工、包装技术。同时加快对农产品物流专业人员培训，第三方农产品物流业积极开展。加工开发环节是农业的最大利润领域，因此要对农产品的加工开发注重。推进农产品流通国际化，积极促进密切协作农产品流通企业与外贸企业，用好国内外“两种资源、两大市场”，将物流链进一步延伸，增强核心能力，从而尽快推进农产品流通向国际化方向发展。
