中国铁路改革面临的挑战是巨大的，中国铁路总公司发起的货运改革只是在服务上有所提升，但是铁路货源不足的颓势局面却难以扭转。总体而言，全国货运量增速指标已经大大降低，只是更为差强人意的铁路运输指标表现。进一步减少的工业生产对石油、煤炭等原材料的需求，使得铁路运输货源萎缩，进一步疲弱的货运总需求。
传统意义上铁路货物运输的物资总量提升无望更是趋势性特征，而非周期性因素所致。我国基本上以大宗货物运输为主的铁路运输，诸如煤炭、石油、建材、矿石、粮食、化肥等。这些物资是必要的支撑对维持国民经济的发展，其运量变化也是我国经济发展的“晴雨表”。经济结构调整、资源环境约束、发展模式的转变等一系列因素使得大宗货物的运输不会再现类似前些年的增长势头。
除了中国铁路总公司进行的货运改革，原铁道部也在货运组织改革上进行了多方面的努力和探索。但效果并不明显，这既有铁路内部不明确的分工、市场满足能力差的原因，也有衔接性差的铁路与港口等方面的因素。我国比重较高的进出口贸易在国民经济中，在很多年份都超过了GDP总量的一半以上。然而，以公路集疏为主，江海联运为辅的国际贸易中集装箱货物的基本运输。铁路集装箱运输比例不仅大大低于发达国家的水平，而且连一些发展中国家也不如。如此大的物流量，如此高比例的公路集疏港运输本身就造成了物流成本的增加和对城市交通的干扰。条块分割、体制不顺、“最后一公里”等严重制约了物流运输市场资源的有效配置，也使物流运输的效率得到大大的降低。
对多式联运大力发展，尤其是早已为业界所共识的国际集装箱联运，并有望成为亮点为铁路运输上量的增收。交通运输部统筹规划为铁路与其他交通运输的有效衔接带来了便利条件。随着陆续开通的我国铁路客运专线，得到极大释放的货运能力和速度，由于正在大大降低的客运对货运速度、效率等造成的不利因素，这创造了良好的外部条件为货运的及时性、便利性、可直达性。
我国都在5000公里以上的东西跨度以及南北距离，资源分布不平衡、不平衡的区域经济发展，铁路在中长距离运输上的优势和地位是由生产力布局的特点所决定的，铁路技术的发展和突破也决定了它是一种经济且快捷的交通运输方式。根据美国的数据，铁路运输的燃油效率是公路运输的4倍。大力发展集装箱在中距离运输上与公路运输进行合理分工，各取所长是当今和未来发展的趋势和要求。
我国交通运输中，比例不高的多式联运是依托铁路进行的，从事货物运输的附加值不高，良好的收益和新的增长点也难以带来。过去，主要是满足国际贸易的需要以铁路为依托的多式联运，现在则逐步向国内的生产和消费领域渗透。这当然有运输市场上公路运输所面临的困境，更主要的是铁路运输所带来的经济和效率所致。
大力发展多式联运、推进铁路多式联运不仅是交通运输部的职责所在，也是中国铁路总公司争取未来经济增长点的方向。不过，对中国铁路总公司而言，需要克服的困难和障碍仍很多，涉及到服务观念的转变、基础设施的进一步完善、是在铁路内部培育多式联运市场主体还是允许外部资本进入、政策环境的支持力度以及立法对相关放权利和义务的明确界定。
