三种第四方物流公司的基本运作方式包括协同运作模型、方案集成商模型、行业创新者模型。
超能力组合协同运作模型是第四方物流和第三方物流共同开发市场，是第四方物流向第三方物流提供技术，供应链策略、进入市场的能力和项目管理的专业能力等的一系列服务。往往是在第三方物流公司内部工作的第四方物流会，通过第三方物流这样一个具体实施者来实现它的思想和策略，以达到为客户服务的目的。一般会采用商业合同的方式或者战略联盟的方式合作的第四方物流和第三方物流。
在方案集成商模型这种模式中，第四方物流对整个供应链为客户提供运作和管理的解决方案。第四方物流进行综合管理对本身和第三方物流的资源、能力和技术，为客户提供全面的、集成的供应链方案借助第三方物流。通过第四方物流的方案第三方物流为客户提供服务、作为一个枢纽的第四方物流，可以集成多个服务供应商的能力和客户的能力。
行业创新者模型。第四方物流供应链解决方案为多个行业的客户开发和提供，重点是整合整个供应链的职能，将第三方物流加以集成，第四方物流向上下游的客户提供解决方案。在这里，责任非常重要的第四方物流，因为它是纽带在上游第三方物流的集群和下游客户集群之间的。会给整个行业带来最大的利益的行业解决方案。第四方物流会提高整个行业的效率通过卓越的运作策略、技术和供应链运作的实施。
无论采取哪一种模式，第四方物流都突破了单纯发展第三方物流的局限性，真正的低成本、高效率、时时运作都能做到，实现资源整合最大范围内的。第三方物流因为缺乏跨越整个供应链运作以及战略专业技术真正整合供应链流程所需的。第四方物流可以不受约束地将每一个领域的最佳物流提供商组合起来，为客户提供最佳物流服务，进而形成最优物流方案或供应链管理方案。而第三方物流要么独自，要么通过与自己有密切关系的转包商来为客户提供服务，它不太可能提供技术、仓储与运输服务的最佳结合。
