为了争取福建平潭与新竹南寮直航，新竹市府会动起来，盼望透过由渔转商的契机，为地方注入一股力量，活络经济，希望充分利用南侧的保安林地，辟建设立自由贸易物流转运区。渔港转型为直航商港，其初步规划与想法，利用渔港港区现有三分之一腹地与泊区，作为客货运码头使用，以因应初期两岸直航之使用与需求，而新竹渔港南侧陆域腹地有达约30公顷之土地可供利用，未来规划该区域与新辟港口码头所围设约229公顷之泊区，作为自由贸易物流转运区。届时，新竹商港不仅可担任两岸客货运交流往来之枢纽，亦可作为大陆地区与全球各地货物转运港。新竹渔港外围土地开发，也将因此加速发展，进而促进整体区域发展。