台北港与大陆浙闽港口连结，产生新的快递物流链，可以缓解两岸空运快递货物拥挤现象，吸引大陆海西地区电子商务商品，可望每年带来2.5万吨海运快递货物。台北港与平潭距离仅96海浬，透过高速客货轮，单程航行仅需3小时。由台北港国际物流首创的海运快递业务，相较于传统海运须经由金门、厦门转运，大幅缩短两岸货物运输时间。目前已取得海运快递执照的包括台北港国际物流，新竹货运、超捷、晋证、华信、威利、承鼎等，在港区内则利用台北港国际物流公司设置关务、仓储物流平台。